Как лечить кашель

Прежде чем лечить кашель, важно разобраться, что это за явление и каковы его причины.

Кашель — это рефлекторный акт, который возникает в ответ на раздражение рецепторов слизистой:  глотки, в области гортани, трахеи и бронхов  и т.д.

Раздражающими агентами могут быть как факторы извне (пыль,  дым, табак, инфекционный процесс),   так и внутренние факторы — стекание слизи по задней стенке глотки, излишняя мокрота и т.д.

Кашель может возникнуть кратковременно и остро, а может иметь длительное течение.

Причинами затяжного течения  могут быть  обострение хронических очагов инфекции дыхательных путей, например, хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ).

Наиболее часто встречающиеся причины кашля

Острого:

• Вирусная инфекция респираторного тракта

• Бактериальная инфекция

• Аспирация инородного тела

• Вдыхание токсических газов, пыли

Подострого:

Хронического:

• Кашель при заболевании верхних дыхательных путей (острый или хронический гайморит, ринит, фарингит, ларингит)

• Кашлевой вариант бронхиальной астмы

• Гастроэзофагеальная рефлюксная болезнь

• Прием гипотензивных препаратов

 

Так же клинически кашель принято делить на:

• непродуктивный,  то есть сухой,

• продуктивный, когда начинает появляться мокрота.

 

От того, какой именно кашель беспокоит пациента, будет зависеть дальнейшая тактика лечения. Важно, жалуется ли пациент на сухой (непродуктивный) кашель или на влажный (продуктивный) кашель с мокротой, что он откашливает, какого цвета мокрота, какого цвета слизистая верхних дыхательных путей.

Чаще всего кашель, связанный с воспалением глотки (фарингитом), трахеи (трахеит) бывает сухим (непродуктивным). Кашель при бронхитах чаще всего продуктивный и имеет характерный глубокий звук.

Кашель, затянувшийся более чем на 2-3 недели, требует особого внимания, чтобы не пропустить бронхит или пневмонию. Стоит отметить, что пневмония может протекать нетипично, без яркой картины интоксикации и явного ухудшения состояния, а, например, сопровождаться сухим кашлем и субфебрильной температурой около 37 градусов в течение 2-3 недель. В данном случае требуется обязательная консультация врача и решение вопроса о проведении  КТ (компьютерной томографии) легких.

Различные варианты подкашливания могут быть спровоцированы стеканием слизи по задней стенке глотки. С чем это связано в данной ситуации (с ринитом, гайморитом и т.д.), разбирается врач-оториноларинголог.

Также причиной кашля может стать рефлюкс, т.е. заброс кислоты из желудка в область гортани. Такое часто бывает, если кашель появляется в ночное время или после еды. В таком случае необходима консультация  гастроэнтеролога, с дальнейшей диагностикой и лечением желудочно-кишечного тракта.

Если кашель сопровождается изменением голоса, может понадобиться консультация врача-фониатра. А если кашель часто рецидивирует без видимой причины  или имеет определенную периодичность и сезонность, то  может понадобиться консультация аллерголога.  

Не занимайтесь самолечением!

В рекомендациях по лечению хотелось бы отметить те частые проблемы и  особенности, которые необходимо знать, для того, чтобы быстрее наступило выздоровление.

Ингаляции

Для ингаляций рекомендуют использовать небулайзеры (ультразвуковые, компрессорные, электронно-сетчатые). Щелочные ингаляции благотворно влияют на слизистую дыхательных путей. Но не желательно самостоятельно назначать  их себе, не зная локализацию поражения. Зачастую ингаляции, проведенные в первые 3-4 дня с начала ОРВИ, могут способствовать  распространению инфекционного процесса.

Для грамотного проведения ингаляций необходимо  назначение врача.

Имбирь и лимон

Если задняя стенка глотки раздражена или кашель связан с рефлюксом,  то при обильном употреблении напитков с имбирем и лимоном кашель может стать более интенсивным, так как будут усиливаться явления рефлюкса.

Полоскание

Полоскание горла спиртовыми растворами в большой концентрации и в течение длительного времени могут приводить к пересушиванию задней стенки глотки, что может усиливать сухой кашель.

Мукоактивные препараты

Принципиально мукоактивные  препараты по лечебному действию можно поделить на: стимулирующие выработку слизи, разжижающие мокроту и блокирующие кашлевой рефлекс. Каждая группа препаратов имеет свою точку приложения в зависимости от вида кашля и периода развития заболевания. Соответственно, их  нужно пить в определенном порядке, по назначению врача.

Например, если  блокаторы кашлевого рефлекса назначить в период, когда кашель активно  продуктивный, то мокрота будет застаиваться, что будет заметно ухудшать течение заболевания.

Растительные препараты

Как правило, активно применяются на стации сухого кашля, как отхаркивающие средства. Но нужно удостовериться в том, что у вас нет аллергии на конкретные растительные компоненты.

Мёд

Известно, что при определенной температуре мед становится токсичным. Кроме того, мед – это сладкая среда, которая провоцирует рост бактерий. И опять же не стоит забывать о возможной аллергии.  

Питье

При кашле полезно щелочное питье. Например, Боржоми. Полезно и просто обильное теплое питье, которое способствует выведению токсинов. Если вы применяете препараты, разжижающие мокроту, питье необходимо. Иначе они плохо работают.   

 

Итак, самая грубая ошибка при возникновении кашля – начинать делать ингаляции в первые три дня заболевания, а так же назначать себе различные препараты, не проконсультировавшись с врачом. Если у вас начался кашель, запишитесь на консультацию к специалисту. Самостоятельно вы можете начать пить Боржоми (щелочное питье), либо травяные сборы, будучи уверенными, что у вас нет аллергии на их компоненты

Автор: врач-фониатр, оториноларинголог Зинаида Боголепова

МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ» из 404171, Волгоградская обл, Светлоярский р-н, рп Светлый Яр, ул Советская, зд 65 | ИНН 3426011984, КПП 342601001

Причина жалобы

Вернуться К списку организаций Подписаться на изменения

МУНИЦИПАЛЬНОЕ КАЗЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ КУЛЬТУРЫ «ИСТОРИКО-КРАЕВЕДЧЕСКИЙ МУЗЕЙ» СВЕТЛОЯРСКОГО МУНИЦИПАЛЬНОГО РАЙОНА ВОЛГОГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ

Показатели надежности

Сведения о регистрации

по данным ЕГРЮЛ и ЕГРИП

Заказчик закупок

Общая сумма по договорам с поставщиками
0 ₽

Информация об актуальных тендерах и завершенных закупках МУНИЦИПАЛЬНОЕ КАЗЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ КУЛЬТУРЫ «ИСТОРИКО-КРАЕВЕДЧЕСКИЙ МУЗЕЙ» СВЕТЛОЯРСКОГО МУНИЦИПАЛЬНОГО РАЙОНА ВОЛГОГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ отсутствует.

Участник закупок

Общая сумма по договорам с заказчиками
0 ₽

Информация об участии МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ» в закупках отсутствует.

У МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ» найдено 1 номер телефона и 1 адрес электронной почты, по которым можно связаться.

Учредители

Администрация Светлоярского Муниципального Района Волгоградской Области

не определен

Филиалы и представительства

Сведения о филиалах и представительствах МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ» отсутствуют.

МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ» имеет 1 учредителя.

Руководители

Кашлева Лариса Александровна

Директор

У МУНИЦИПАЛЬНОЕ КАЗЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ КУЛЬТУРЫ «ИСТОРИКО-КРАЕВЕДЧЕСКИЙ МУЗЕЙ» СВЕТЛОЯРСКОГО МУНИЦИПАЛЬНОГО РАЙОНА ВОЛГОГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ обнаружена 51 связь с организациями. По учредителю связана с 51 компанией. Среди них 40 имеет статус «Действующая», 10 — «Ликвидирована», 1 — «Банкротство». Регион регистрации компаний – Волгоградская область. Связи по руководителю, связи по юридическому адресу, дочерние организации не зафиксированы.

Краткая справка:

МУНИЦИПАЛЬНОЕ КАЗЕННОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ КУЛЬТУРЫ «ИСТОРИКО-КРАЕВЕДЧЕСКИЙ МУЗЕЙ» СВЕТЛОЯРСКОГО МУНИЦИПАЛЬНОГО РАЙОНА ВОЛГОГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ находится по адресу 404171, Волгоградская обл, Светлоярский р-н, рп Светлый Яр, ул Советская, зд 65. Статус организации: Действующая. Руководитель: Кашлева Лариса Александровна. Дата регистрации: 30.01.2007 ИНН 3426011984, КПП 342601001, ОГРН 1073458000220, ОКПО 98529287. Огранизационно-правовая форма: Муниципальное казенное учреждение (75404). Форма собственности: Муниципальная собственность (14). Территориальная принадлежность: Сельские населенные пункты, подчиненные Администрации рп Светлый Яр/ (18249551000), рп Светлый Яр (18649151051). Классификатор органов государственной власти и управления: Муниципальные организации (4210007).

Данные актуальны на 14.09.2022. Контактные данные МКУК «СВЕТЛОЯРСКИЙ ИКМ»

Информация получена из официальных источников и предоставляется в соответствии со ст. 7 Федерального закона «Об информации, информационных технологиях и о защите информации» от 27.07.2006 N 149-ФЗ

Михаил Кашлев, к.т.н. | Основные исследователи

ПРОЕКТЫ

1. Контроль элонгации транскрипции и точности транскрипции

В клетке информация, закодированная в ДНК, точно передается белку с помощью промежуточного соединения мРНК, генерируемого РНК-полимеразами. Известно, что из-за временной природы РНК биологическую важность точности транскрипции трудно исследовать. Было высказано предположение, что склонная к ошибкам транскрипция способствует раку, старению и адаптивному мутагенезу. Генетическая селекция и скрининг, выполненные с библиотеками случайно мутировавших субъединиц РНК-полимеразы II (Pol II) из 9РНК-полимераза 0011 Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae ) и Escherichia coli (E. coli) выявила мутации, которые увеличивают частоту неправильного включения NTP и вставок/делеций (проскальзывания) в мРНК. Биохимический анализ этих мутантов подтвердил низкую точность фенотипа мутантных полимераз. Инсерционные и делеционные мутации, возникающие в результате проскальзывания транскрипции, также оказывают влияние на биологию, поскольку они приводят к сдвигам рамки трансляции и приводят к синтезу укороченных белков, потенциально токсичных для клетки. Кроме того, ошибки транскрипции вносят серьезные нарушения в активный центр РНК-полимеразы, что приводит к длительной паузе / аресту фермента на ДНК, что препятствует экспрессии генов и репликации ДНК. Первоначально не ожидалось, что повышенное неправильное включение будет иметь глубокий биологический эффект. Однако биологический подход выявил мутации, которые делают дрожжи зависимыми от белкового фактора коррекции ошибок TFIIS, делают клетки чувствительными к истощению NTP под действием 6-азаурацила и увеличивают неправильное включение Pol II 9.0011 in vitro . В совокупности эти наблюдения оправдывают использование склонной к ошибкам Pol II и E. coli РНК-полимеразы в качестве инструмента для разработки подходов к скринингу мутантов с повышенным количеством ошибок. Моя лаборатория выполняет биохимическую характеристику мутантов полимеразы, которые подвержены ошибкам in vivo , чтобы подтвердить повышенное неправильное включение и проскальзывание. Мы идентифицируем белковые домены в субъединицах РНК-полимеразы, ответственных за контроль точности транскрипции. В сотрудничестве с группами Джеффа Стратерна, Дональда Корта и Дина Джина в Лаборатории регуляции генов и хромосомной биологии мы разрабатываем высокочувствительные репортерные системы Cre/lox, способные обнаруживать нечастые ошибки транскрипции в E. coli и дрожжи. Эти репортеры позволяют нам проверить старый вопрос о том, колеблются ли ошибки транскрипции в широком диапазоне в зависимости от условий роста и различных клеточных стрессов.

2. Прямая оценка точности транскрипции с помощью секвенирования РНК с высоким разрешением (RNA-seq и NET-seq)

Долгое время считалось, что раковые и стареющие клетки подвержены влиянию ошибок транскрипции, вызывающих генетические и эпигенетические изменения. До сих пор отсутствие методологии прямой оценки таких ошибок препятствовало оценке их воздействия на клетки. Мы разработали метод Illumina RNA-seq с высоким разрешением, который позволяет оценивать незакодированные замены оснований в мРНК с частотой 10 000–100 000 на базовую частоту in vitro и in vivo . Статистически надежное обнаружение изменений в точности транскрипции гарантирует, что RNA-seq может анализировать ошибки транскрипции в большом количестве геномных сайтов. Комбинация РНК-секвенирования и биохимического анализа положений для ошибок выявила два специфических для последовательности механизма, которые повышают точность транскрипции с помощью РНК-полимеразы Escherichia coli : (i) усиленное подавление неправильного включения нуклеотидов, которое улучшает селективность в отношении родственного субстрата, и (ii) повышенное обратное отслеживание РНК-полимеразы, что снижает вероятность распространения ошибки на полноразмерный транскрипт после неправильного включения и дает возможность исправить ошибку. РНК-секвенирование с высоким разрешением можно использовать для полногеномной оценки точности транскрипции и посттранскрипционного редактирования РНК далеко за пределами Клетки E. coli . В дополнение к РНК-seq мы используем усовершенствованный метод секвенирования зарождающегося удлиненного транскрипта (NET-seq) для изучения ошибок транскрипции в E. coli и дрожжевых клетках. На этом пути мы анализируем биологическое влияние ошибок транскрипции на стабильность генома в одноклеточных организмах ( E. coli и дрожжи) с последующим внедрением этих результатов и методов в клетки млекопитающих.

3. Роль транскрипционной транскрипции в сопряженной с транскрипцией репарации ДНК и в устойчивости клеток к повреждению ДНК

Точная и эффективная транскрипция геномной ДНК в мРНК имеет решающее значение для выживания клеток при повреждении ДНК, вызванном УФ-облучением, окислительным стрессом или химическими модификациями ДНК. Чтобы поддерживать целостность генома, клетки развили отдельные клеточные стратегии, включающие множество механизмов репарации повреждений ДНК и толерантности к повреждениям ДНК. Необъемные повреждения ДНК преимущественно восстанавливаются путем эксцизионной репарации основания (BER). Повреждения, которые вызывают большие искажения ДНК, такие как индуцированные УФ-светом циклобутановые пиримидиновые димеры / цисплатиновые аддукты и окислительные циклопурины, в первую очередь подвергаются пути эксцизионной репарации нуклеотидов (NER). Несмотря на продолжающееся восстановление, некоторые повреждения ускользают от обнаружения, что ставит клетку перед проблемой продолжения синтеза ДНК и РНК. Во время репликации вредное воздействие повреждений ДНК можно смягчить с помощью синтеза ДНК трансфузии (TLS). Во время TLS высокоточные репликативные ДНК-полимеразы временно переключаются на специализированные трансфузионные ДНК-полимеразы, которые могут размещать объемные повреждения в более просторном активном центре, что позволяет их обходить. Наша работа по репарации ДНК, связанной с транскрипцией (TCR), показала, что Pol II дрожжей обладает внутренней способностью обходить индуцированные УФ-излучением пиримидиновые димеры в качестве альтернативного пути к его предпочтительной репарации с помощью TC-NER. Мы определили этот процесс как синтез трансфекции РНК-полимеразой (RTLS), чтобы отличить его от обычного TLS с помощью ДНК-полимераз. Мы также продемонстрировали, что эффективность обхода пиримидиновых димеров с помощью Pol II коррелирует с повышенной устойчивостью клеток к УФ-излучению. Самое главное, наши самые последние результаты показали, что Pol II млекопитающих использует аналогичный механизм для согласования с пиримидиновыми димерами in vitro . Чтобы выяснить функциональную корреляцию между RTLS и TC-NER, мы исследуем механизм специфической репарации нити в различных генетических фонах дрожжей в качестве модельной системы. Мы расширяем наши усилия по транскрипции других типов повреждений ДНК, включая циклопуриновые повреждения (цикло-dA и цикло-dG) и 8-оксогуанин. Мы показали, что Pol II дрожжей и млекопитающих способны к транскрипции через cyclo-dA in vitro с использованием механизма, который поразительно похож на транскрипцию через пиримидиновые димеры.

В качестве отдельного усилия мы продолжаем выяснение роли Rpb4/7 и Rpb9 субъединиц Pol II в инициации TCR и будем искать белки репарации, специфичные для Rpb4/7- и Rpb9-зависимых путей TCR. В долгосрочной перспективе мы стремимся оценить влияние точной и подверженной ошибкам транскрипции на целостность генома при нормальном росте и эндогенных/экзогенных стрессах, вызванных повреждением ДНК, онкогенезом и старением.

4. Механизмы транскрипции через нуклеосомы РНК-полимеразой II

Эта тема посвящена интригующему вопросу о том, как эукариотические РНК-полимеразы транскрибируют хроматин. Проект включает разработку минимальной системы in vitro для транскрипции через нуклеосому Pol II и Pol III из S. cerevisiae . РНК-полимераза из E. coli , которая ведет себя очень похоже на эукариотический фермент при нуклеосомной транскрипции, используется в этом проекте как простой в обращении прототип Pol II. Связано ли это вообще с раком у людей? Да, это так. Основной характеристикой рака является нарушение регуляции контроля транскрипции, ведущее к активации экспрессии генов, способствующих росту, а также к молчанию генов, выполняющих функции супрессоров опухолей. Важно отметить, что мутации, обнаруженные в опухолевых клетках, не могут сами по себе объяснить сложность изменения паттерна экспрессии генов. Эпигенетические изменения в транскрибируемых областях, такие как метилирование ДНК, ковалентные модификации гистонов и АТФ-зависимое ремоделирование хроматина, недавно были идентифицированы как ключевые универсальные компоненты процесса трансформации. Поэтому эпигенетические изменения считаются перспективными мишенями для новых противораковых препаратов. Однако разработка новых методов лечения значительно затруднена из-за сложности взаимодействия между различными путями эпигенетических модификаций. Быстрый прогресс в этой области зависит от понимания молекулярного механизма действия каждой из эпигенетических модификаций и установления иерархии событий, в конечном итоге приводящих к изменениям экспрессии генов. Чтобы предсказать влияние той или иной эпигенетической модификации на уровень экспрессии данного гена, необходимо понять, как изменения хроматина, вызванные ремоделированием и модификацией, влияют на транскрипцию. Pol II транскрибирует матрицы, упакованные в нуклеосомы. Несколько линий экспериментальных данных свидетельствуют о том, что ремоделирование и модификация хроматина происходят во время активации промотора и связаны с удлинением транскрипции. Неизвестно, требуются ли вообще какие-либо события ремоделирования и модификации хроматина для эффективной элонгации, и которые играют специфические для гена регуляторные роли. Понять молекулярный механизм транскрипции на матрицах хроматина с помощью Pol II in vivo , мы определяем, как полимераза транскрибирует через одну нуклеосому и короткие массивы нуклеосом in vitro .

ПУБЛИКАЦИИ — Лаборатория Мураками

Перейти к содержимому

ПУБЛИКАЦИИadmin2022-08-02T19:04:58+00:00

2022

Закари Ф. Манделл, Риши К. Вишвакарма, Хелен Яхнин, Кацухико С. Мураками, Михаил Кашлев, Пол Бабицке. (2022). Rho стимулирует как Rho-зависимую, так и внутреннюю терминацию в Сенная палочка. Природная микробиология. принято.

Джеймс Р. Портман, М. Зухаиб Кайюм, Кацухико С. Мураками и Теренс Р. Стрик. (2022). О стабильности остановленной РНК-полимеразы и ее удалении с помощью RapA. Исследование нуклеиновых кислот . интернет-публикация.

Крейг Дж. Маршалл, М. Зухаиб Кайюм, Джули Э. Уокер, Кацухико С. Мураками*, Томас Дж. Сантанджел0*. (2022). Структура и активность архейного фактора терминации транскрипции Eta детализируют уязвимости комплекса элонгации транскрипции. Proc Natl Acad Sci U S A.

119, 2207581119. (*авторы-соавторы). https://www.pnas.org/doi/epdf/10.1073/pnas.2207581119.

Лидия Лисицкая, Йоно Шин, Алексей Агапов, Анна Олина, Екатерина Кропочева, Сергей Рязанский, Алексей А. Аравин, Дарья Есюнина, Кацухико С. Мураками*, Андрей Кульбачинский*. (2022). Программируемое нацеливание РНК бактериальными нуклеазами Argonaute с нетрадиционной направляющей специфичностью связывания и расщепления. Природа Связь. принято. (*соавторы-соавторы)

Ширин Р. Ашкар, Валаджапет Раджесваран, Пил Х. Ли, Клэр М. Трэшер, Скотт Г. Францблау, Кацухико С. Мураками, Холлис Д. Шоуолтер и Джордж А. Гарсия. (2022). Оптимизация бензоксазинорифамицинов для минимизации активации hPXR для лечения коинфекции туберкулеза и ВИЧ. Инфекционные заболевания ОКС. принято.

Раджесваран, Валаджапет; Ашкар, Ширин; Ли, Пил; Йоманс, Лариса; Шин, Ёно; Францблау, Скотт; Мураками, Кацухико; Шоуолтер, Холлис; Гарсия, Джордж. (2022). Оптимизация бензоксазинорифамицинов для улучшения ингибирования РНК-полимеразы Mycobacterium tuberculosis и лечения туберкулеза. Инфекционные заболевания ОКС. принято.

Нараянан, А., Нарвал, М., Майович, С.А., Варриччио, К., Тонер, С.А., Баллаторе, К., Бранкале, А., Мураками, К.С., Хосе, Дж. (2022). Идентификация ингибиторов SARS-CoV-2, нацеленных на Mpro и PLpro, с использованием анализа внутриклеточных протеаз. Коммун Биол , 5, 169. 10.1038/с42003-022-03090-9

2021

Кайюм М. З., Молодцов В., Ренда А., Мураками К.С. (2021) Структурная основа рециркуляции РНК-полимеразы семейством Swi2/Snf2 АТФазы RapA в Escherichia coli , Дж. Биол. Химия . 297, 101404. 10.1016/j.jbc.2021.101404

Janne J. Mäkinen, Yeonoh Shin, Eeva Vieras, Pasi Virta, Mikko Metsä-Ketelä, Katsuhiko S. Murakami*, Georgiy A. Belogurov*. Механизм селекции нуклеосахара полисубъединичными РНК-полимеразами. Нац Коммуна 12 , 796 (2021). 10.1038/s41467-021-21005-w. (*соавторы-соавторы)

Шин Ю., Кайюм М.З., Пупов Д., Есюнина Д., Кульбачинский А., Мураками К.С. (2021). Структурные основы регуляции транскрипции рибосомной РНК. Природа Связь. 12 , 528 . Чо, Кацухико С. Мураками. (2020). Прямое связывание TFEalpha открывает ДНК-связывающую щель РНК-полимеразы. Природа Связь. 11 , 6123. https://doi.org/10.1038/s41467-020-19998-x

Томаш Коуба, Томаш Коваль, Петра Судзинова, Йиржи Поспишил, Барбора Брезовска, Ярмилана Гниличова, Ханиликова , Микаэла Шикова, Петр Халада, Михал Сикора, Иван Барвик, Йиржи Новачек, Мария Трундова, Ярмила Душкова, Тереза ​​Скалова, Юри Чон, Кацухико С. Мураками, Ян Доналек, Либор Красны. (2020). Mycobacterial HelD является фактором очистки нуклеиновых кислот для РНК-полимеразы. Природа Связь. 11 , 6419. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20158-4

Хаупенталь Дж., Каутц Ю., Эльгахер В.А. Молодцов В., Мураками К.С., Хартманн Р.В., Бишофф М. (2020). Оценка ингибиторов бактериальной РНК-полимеразы в модели раневой инфекции на основе Staphylococcus aureus у мышей SKh2. ACS Infect Dis . doi: 10.1021/acsinfecdis.0c00034. PMID: 32886885.

Шин Ю., Хеджлин М., Мураками К. (2020). Структурные основы повторной транскрипции с промоторов pyrG и pyrBI бактериальной РНК-полимеразой. Исследование нуклеиновых кислот. 48 , 2144. https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz1221

2019

Пракаш Д., Айер П., Сухарти С., Уолтерс К., Сантьяго -Мартинес, М., Голбек, Дж., Мураками, К*., Ферри, Дж*. (2019). Структура и функция необычного флаводоксина из домена Archaea. Proc Natl Acad Sci U S A . https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1908578116(*соавторы-соавторы)

Блэк С., Оздемир А., Кашкина Э., Кент Т., Русанов Т., Ристич Д., Шин Ю., Сума А., Хоанг Т., Чандрамули Г., Сиддик Л., Борисонник Н., Салливан-Рид К., Мэллон Дж., Скорски Т. , Карневале, В., Мураками, К., Вайман, К., Померанц, Р. (2019). Молекулярная основа опосредованного микрогомологией соединения концов очищенным полноразмерным Polθ. Nature Communications, 10 , 4423. https://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-12272-9

2018

Пупов Д., Петушков И., Есюнина Д., Мураками К.М., Кульбачинский А. (2018). Район 3.2 фактора σ контролирует стабильность промоторных комплексов рРНК и потенцирует их репрессию с помощью DksA. Исследование нуклеиновых кислот , 46 , 11477-11487. doi: 10.1093/nar/gky919

Мосаи Х., Молодцов В., Кепплингер Б., Харботтл Дж., Мун Ч.В., Дживс Р.Э., Чеккарони Л., Шин Ю., Мортон-Лэинг , С. , Маррс, Э.С.Л., Уиллс, К., Клегг, В., Юзенкова, Ю., Перри, Дж.Д., Бэкон, Дж., Эррингтон, Дж., Алленби, Н.Е.Е., Холл, М.Дж., Мураками, К.С.*. , Зенкин Н*. (2018). Механизм действия канглемицина А, природного продукта ансамицина, который активен в отношении резистентных к рифампицину Микобактерии туберкулеза. Молекулярная ячейка, 72 , 263-274. DOI:https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.08.028(*соавторы-соавторы)

Брюн-Ольшевская Б., Молодцов В., Собала М., Дылевский М., Мураками К.С., Кашел М. и Потрикус К.*. (2018). Сравнение структуры и функции (p)ppApp и (p)ppGpp для сайтов связывания РНК-полимеразы Escherichia coli и для rrnB регуляторных ответов промотора P1 in vitro . BBA – Механизмы регуляции генов 1861 , 731–742 DOI: 10.1016/j.bbagrm.2018.07.005 (*соавторы-соавторы)

Молодцов В., Мураками К.С. (2018). Минимализм и функциональность: структурные уроки гетеродимерной РНК-полимеразы бактериофага N4 II. Дж. Биол. Химия . DOI: 10.1074/jbc.RA118.003447

Нараянан, А., Ваго, Ф.С., Ли, К., Кайюм, М.З., Йернул, Д., Цзян, В., и Мураками, К.С. (2018). Крио-ЭМ структура комплекса Escherichia coli  sigma ⁷⁰ РНК-полимеразы и промоторной ДНК выявила роль сигма-неконсервативной области во время образования открытого комплекса. J. Biol. Химия . 293 , 7367-7375. DOI: 10.1074/jbc.RA118.002161

Молодцов В., Синева Э., Чжан Л., Хуанг X., Кашел М., Адес С.Э. и Мураками К.С. (2018). Аллостерический эффектор ppGpp потенцирует ингибирование инициации транскрипта с помощью DksA. Molecular Cell   69, 828–839.e5 (2018). DOI: 10.1016/j.molcel.2018.01.035

2017
Мураками К.С., Шин Ю., Тернбоу С.Л. мл., Молодцов В.*. (2017). Рентгеновская кристаллическая структура повторяющегося транскрипционного комплекса выявляет нетипичный путь удлинения РНК. Proc Natl Acad Sci USA 114 , 8211-8216. DOI: 10.1073/pnas.1702741114(*соавторы-соавторы)

Молодцов В., Шарф Н.Т., Стефан М.А., Гарсия Г.А. и Мураками К.С. (2017). Структурная основа устойчивости бактериальной РНК-полимеразы к рифамицину за счет трех наиболее клинически важных мутаций RpoB, обнаруженных в Mycobacterium tuberculosis . Мол Микробиол 103 , 1034-1045. DOI: 10.1111/mmi.13606

Шарф Н.Т., Молодцов В., Контос А., Мураками К.С., Гарсия Г.А. (2017). Новые химические каркасы для ингибирования устойчивой к рифамицину РНК-полимеразы, обнаруженные в результате высокопроизводительного скрининга. SLAS Discov 22 , 287-297. DOI: 10.1177/2472555216679994

2016
Яхнин А.В., Мураками К.С., Бабицке П. (2016). NusG представляет собой специфичный для последовательности фактор паузы РНК-полимеразы, который связывается с ДНК, не являющейся матричной, внутри пузыря паузы транскрипции. J Biol Chem 291 , 5299-5308. DOI: 10.1074/jbc.M115.704189

Гу Х., Йошинари С., Гош Р., Игнаточкина А.В., Голник П.Д., Мураками К.С. и Хо С.К. (2016). Структурный и мутационный анализ архейной АТФ-зависимой РНК-лигазы идентифицирует аминокислоты, необходимые для связывания РНК и катализа. Nucleic Acids Res 44 , 2337-2347. DOI: 10.1093/nar/gkw094

2015
Молодцов В., Флеминг П.Р., Эйерманн С.Дж., Фергюсон А.Д., Фоулк М.А., МакКинни Д.К., Массе К.С., Мурак и Э.Т. (2015). Рентгеновские кристаллические структуры РНК-полимеразы Escherichia coli с ингибиторами связывания области переключения позволяют рационально конструировать скварамиды с улучшенной фракцией, не связанной с белками плазмы человека. Дж Мед Хим 58 , 3156-3171. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5b00050

Ян, Ю., Дарбари, В.К., Чжан, Н., Лу, Д., Глайд, Р., Ван, Ю.П., Винкельман, Дж.Т., Гурс, Р.Л., Мураками, К.С. , Buck, M. , и Zhang, X. (2015). ТРАНСКРИПЦИЯ. Структуры РНК-полимеразы-sigma54 обнаруживают новые и консервативные регуляторные стратегии. Наука 349 , 882-885. DOI: 10.1126/science.aab1478

2014
Басу Р.С., Уорнер Б.А., Молодцов В., Пупов Д., Есюнина Д., Фернандес-Торнеро К., Кульбачинский А., Мураками , К.С. (2014). Структурные основы инициации транскрипции холоферментом бактериальной РНК-полимеразы. J Biol Chem 289 , 24549-24559. DOI: 10.1074/jbc.M114.584037

Джун С.Х., Хирата А., Канаи Т., Сантанджело Т.Дж., Иманака Т. и Мураками К.С. (2014). Рентгеновская кристаллическая структура эвриархейной РНК-полимеразы в конфигурации с открытым зажимом. Nat Commun 5 , 5132. DOI: 10.1038/ncomms6132

Song, T., Park, Y., Shamputa, I.C., Seo, S., Lee, S.Y., Jeon, H.S., Choi, H., Lee , М., Глинн, Р.Дж., Барнс, С.В. и др. (2014). Затраты на фитнес при резистентности к рифампицину в Mycobacterium tuberculosis амплифицируются в условиях голодания по питательным веществам и компенсируются мутацией в бета’-субъединице РНК-полимеразы. Мол Микробиол 91 , 1106-1119. DOI: 10.1111/mmi.12520

2013
Мехольд У., Потрикус К., Мерфи Х., Мураками К.С. и Кашел М.*. (2013). Дифференциальная регуляция с помощью ppGpp по сравнению с pppGpp в Escherichia coli . Nucleic Acids Res 41 , 6175-6189. ДОИ: 10.1093/nar/gkt302(*соавторы-соавторы)

Молодцов В., Наваратне И.Н., Шарф Н.Т., Кирхгоф П.Д., Шоуолтер Х.Д., Гарсия Г.А. и Мураками К.С. (2013). Рентгеновские кристаллические структуры РНК-полимеразы Escherichia coli в комплексе с бензоксазинорифамицинами. J Med Chem 56 , 4758-4763. DOI: 10.1021/jm4004889

Мураками, К.С. (2013). Рентгеновская кристаллическая структура холофермента Escherichia coli РНК-полимеразы s ⁷⁰ . J Biol Chem 288 , 9126-9134. DOI: 10.1074/jbc.M112.430900

Басу Р.С. и Мураками К.С. (2013). Наблюдение за транскрипцией РНК-полимеразы бактериофага N4 с помощью рентгеновской кристаллографии, зависящей от времени. J Biol Chem 288 , 3305-3311. DOI: 10.1074/jbc.M112.387712

Саркар П., Сардесай А.А., Мураками К.С. и Чаттерджи Д. (2013). Инактивация бактериальной РНК-полимеразы за счет приобретения вторичной структуры омега-субъединицей. J Biol Chem 288 , 25076-25087. DOI: 10.1074/jbc.M113.468520

2012
Рейхлен, М.Дж., Вепачеду, В.Р., Мураками, К.С., и Ферри, Дж.Г. (2012). MreA участвует в глобальной регуляции путей метаногенеза у Methanosarcina acetivorans . MBio 3 , e00189-00112. DOI: 10.1128/mBio.00189-12

2011
Чен Ю., Басу Р., Глегхорн М.Л., Мураками К.С. и Кэри П.Р. (2011). События с временным разрешением на пути реакции инициации транскрипта односубъединичной РНК-полимеразой: рамановские кристаллографические данные. J Am Chem Soc 133 , 12544-12555. DOI: 10.1021/ja201557w

Глегхорн М.Л., Давыдова Е. К., Басу Р., Ротман-Денес Л.Б., Мураками К.С. (2011). Рентгеновские кристаллические структуры объясняют реакцию переноса нуклеотидов при инициации транскрипта с использованием двух нуклеотидов. Proc Natl Acad Sci USA 108 , 3566-3571. DOI: 10.1073/pnas.1016691108

Клейн, Б.Дж., Бозе, Д., Бейкер, К.Дж., Юсофф, З.М., Чжан, X., и Мураками, К.С. (2011). Структура комплекса РНК-полимеразы и фактора элонгации транскрипции Spt4/5. Proc Natl Acad Sci USA 108 , 546-550. DOI: 10.1073/pnas.1013828108

2010
Райхлен, М.Дж., Мураками, К.С., и Ферри, Дж.Г. (2010). Функциональный анализ трех гомологов ТАТА-связывающего белка в Methanosarcina acetivorans . J Бактериол 192 , 1511-1517. DOI: 10.1128/JB.01165-09

2008
Глегхорн М.Л., Давыдова Е.К., Ротман-Денес Л.Б., Мураками К.С. (2008). Структурные основы распознавания промотора ДНК-шпильки РНК-полимеразой вириона бактериофага N4. Мол Ячейка 32 , 707-717. DOI: 10.1016/j.molcel.2008.11.010

Хирата А., Канаи Т., Сантанджело Т.Дж., Тадзири М., Манабе К., Рив Дж.Н., Иманака Т. и Мураками К.С. (2008). Субъединицы E и F РНК-полимеразы архей не требуются для транскрипции in vitro , но мутант Thermococcus kodakarensis , лишенный субъединицы F, чувствителен к температуре. Мол Микробиол 70 , 623-633. DOI: 10.1111/j.1365-2958.2008.06430.x

Хирата А., Кляйн Б.Дж. и Мураками К.С. (2008). Рентгеновская кристаллическая структура РНК-полимеразы архей. Природа 451 , 851-854. DOI: 10.1038/nature06530

Мураками К.С., Давыдова Е.К., Ротман-Денес Л.Б. (2008). Рентгеновская кристаллическая структура полимеразного домена РНК-полимеразы вириона бактериофага N4. Proc Natl Acad Sci USA 105 , 5046-5051. DOI: 10.1073/pnas.0712325105

Сухарти С., Мураками К.С., де Врис С. и Ферри Дж. Г. (2008). Структурная и биохимическая характеристика флейворедоксина архея Methanosarcina acetivorans . Биохимия 47 , 11528-11535. DOI: 10.1021/bi801012p

2006
Имашимизу М., Ханаока М., Секи А., Мураками К.С. и Танака К. (2006). Область 1.1 основного сигма-фактора цианобактерий участвует в связывании ДНК в свободной форме и в транскрипционной активности в качестве холофермента. FEBS Lett 580 , 3439-3444. DOI: 10.1016/j.febslet.2006.05.017

Публикации перед поступлением в Пенсильванский государственный университет (подготовка докторантов и докторантов)

Членова М., С. Масуда, К.С. Мураками, В. Никифоров, С.А. Дарст, А. Мустаев (2005). Структура и функция линейно-специфических вставок последовательности в бета-субъединице бактериальной РНК-полимеразы. Дж Мол Биол 353 , 138-154.

Масуда, С., К.С. Мураками, С. Ван, К. Андерс Олсон, Дж. Донигиан, Ф. Леон, С.А. Дарст и Э.А. Кэмпбелл (2004). Кристаллические структуры АДФ и АТФ-связанных форм Bacillus анти-сигма-фактор SpoIIAB в комплексе с анти-анти-сигма-фактором SpoIIAA. Дж Мол Биол 340 , 941-956.

Арцимович И., Светлов В. К.С. Мураками и Р. Ландик (2003). Совместная сверхэкспрессия субъединиц РНК-полимеразы E. coli позволяет изолировать и анализировать мутантные ферменты, лишенные вставок последовательности, специфичной для клона . J Biol Chem 278 , 12344-12355.

Никельс, Б.Е., С.Л. Голубь, К.С. Мураками, С.А. Дарст и А. Хохшильд (2002). Взаимодействия белок-белок и белок-ДНК сигма70-области 4, участвующие в активации транскрипции лямбдацилом. Дж Мол Биол 324 , 17-34.

Мураками, К.С., С. Масуда и С.А. Дарст (2002). Структурная основа инициации транскрипции: T. aquaticus холофермент РНК-полимеразы с разрешением 4 Å. Наука 296 , 1280–1284.

Мураками К.С., С. Масуда Э.А. Кэмпбелл, О. Муззин и С.А. Дарст (2002). Структурная основа инициации транскрипции: комплекс РНК-полимеразы холофермент-ДНК. Наука 296 , 1285-1290.

Финни А.Х., Р.Дж. Блик, К. Мураками, А. Исихама и А.М. Стивенс (2002). Роль С-концевого домена альфа-субъединицы РНК-полимеразы в LuxR-зависимой активации транскрипции оперона lux при определении кворума. J Бактериол 184 , 4520-4528.

Кэмпбелл, Э.А., Коржева Н., Мустаев А., Мураками К., Наир С., Гольдфарб А., Дарст С.А. (2000). Структурный механизм ингибирования бактериальной РНК-полимеразы рифампицином. Сотовый 104 , 901–912.

Отомо Т., Т. Ямазаки, К. Мураками, А. Исихама и Ю. Кёгоку (2000). Структурное исследование N-концевого домена альфа-субъединицы Escherichia coli РНК-полимеразы, солюбилизированной неденатурирующими детергентами. J Biochem (Токио) 128 , 337-344.

Харада Ю., Т. Фунацу, К. Мураками, Ю. Нонояма, А. Исихама и Т. Янагида (1999). Одномолекулярная визуализация взаимодействий РНК-полимераза-ДНК в режиме реального времени. Биофиз J 76 , 709-15.

Прост, Дж.Ф., Д. Негре, К. Удо, К. Мураками, А. Исихама, А.Дж. Коццоне и Дж. К. Кортей (1999). Cra-зависимая активация транскрипции icd гена Escherichia coli . J Бактериол 181 , 893-898.

Мияке Р., К. Мураками Дж.Т. Оуэнс, Д.П. Грейнер, О.Н. Озолин, А. Исихама и К.Ф. Мирс (1998). Димерная ассоциация альфа-субъединиц РНК-полимеразы Escherichia coli , изученная путем расщепления одноцистеиновых альфа-субъединиц, конъюгированных с железо-(S)-1-[п-(бромацетамидо)бензил]этилендиаминтетраацетатом. Биохимия 37 , 1344-1349.

Негре, Д., К. Удо, Дж. Ф. Прост, К. Мураками, А. Исихама, А.Дж. Коццоне и Дж. К. Кортей (1998). FruR-опосредованная активация транскрипции на промоторе pps A Escherichia coli . Дж Мол Биол 276 , 355-365.

Оуэнс, Дж.Т., А.Дж. Чмура, К. Мураками, Н. Фудзита, А. Исихама и К.Ф. Мирс (1998). Картирование сайтов промоторной ДНК, проксимальных к консервативным областям сигма70 в Escherichia coli Комплекс РНК-полимеразы- lac UV5 с открытым промотором. Биохимия 37 , 7670-7675.

Оуэнс, Дж.Т., Р. Мияке, К. Мураками, А.Дж. Чмура, Н. Фудзита, А. Исихама и К.Ф. Мирс (1998). Картирование мест контакта сигма70-субъединицы на РНК-полимеразе Escherichia coli с химической протеазой, конъюгированной с сигма70. Proc Natl Acad Sci USA 95 , 6021-6026.

Озолин О.Н., Н. Фудзита, К. Мураками и А. Исихама (1998). Мониторинг взаимодействия РНК-полимеразы с элементом UP ДНК с помощью флуоресцентного зонда, конъюгированного с альфа-субъединицей. Eur J Biochem 253 , 371-381.

Озолин, О.Н., К. Мураками, Т. Негиши, Н. Фудзита и А. Исихама (1998). Специфическое флуоресцентное мечение двух функциональных доменов альфа-субъединицы РНК-полимеразы. Белки 30 , 183-192.

Буше, П.Е., Мураками К., Исихама А. и Стибиц С. (1997). Природа связывания ДНК и взаимодействие РНК-полимеразы Активатор транскрипции Bordetella pertussis BvgA на промоторе fha . J Бактериол 179 , 1755-1763.

Чой, Х.Е., Р.Р. Хангер, Т. Аки, М. Махони, К. Мураками, А. Исихама и С. Адхья (1997). Репрессия и активация связанной с промотором активности РНК-полимеразы репрессором Gal. Дж Мол Биол 272 , 293-300.

Чугани, С.А., М.Р. Парсек, К.Д. Хершбергер, К. Мураками, А. Исихама и А.М. Чакрабарти (1997). Активация промотора cat BCA: исследование взаимодействия CatR и РНК-полимеразы посредством транскрипции in vitro . J Бактериол 179 , 2221-2227.

Мураками, К., М. Кимура, Дж.Т. Оуэнс, К.Ф. Мирс и А. Исихама (1997). Две альфа-субъединицы РНК-полимеразы Escherichia coli расположены асимметрично и контактируют с разными половинами вышестоящего элемента ДНК. Proc Natl Acad Sci U S A   94 , 1709-1714.

Мураками К., Дж.Т. Оуэнс, Т.А. Беляева, С.Ф. Мирс, С.Дж. Басби и А. Исихама (1997). Позиционирование двух карбоксиконцевых доменов альфа-субъединицы РНК-полимеразы на промоторах двумя транскрипционными факторами. Proc Natl Acad Sci USA 94 , 11274-11278.

Ян, Дж., К. Мураками, Х. Камакарис, Н. Фудзита, А. Исихама и А.Дж. Питтард (1997). Аминокислотные остатки в С-концевом домене альфа-субъединицы РНК-полимеразы Escherichia coli , участвующие в активации транскрипции с мтр промоутер. J Бактериол 179 , 6187-6191.

Арцимович И., К. Мураками, А. Исихама и М.М. Хоу (1996). Для активации транскрипции белком Mu Mor бактериофага требуются С-концевые области как альфа-, так и сигма70-субъединиц РНК-полимеразы Escherichia coli . J Biol Chem 271 , 32343-32348.

Гилади Х., К. Мураками, А. Исихама и А.Б. Оппенгейм (1996). Идентификация элемента UP в сайте связывания IHF на тандемном промоторе PL1-PL2 бактериофага лямбда. Дж Мол Биол 260 , 484-491.

Мураками К., Н. Фудзита и А. Исихама (1996). Поверхность распознавания фактора транскрипции на альфа-субъединице РНК-полимеразы участвует в контакте с энхансерным элементом ДНК. EMBO J 15 , 4358-4367.

Танг Ю., К. Мураками, А. Исихама и П.Л. де Хасет (1996). Взаимодействия выше по течению в промоторе лямбда pRM неспецифичны по последовательности и активируют промотор в меньшей степени, чем введенный элемент UP промотора рРНК. J Бактериол 178 , 6945-6951.

• ОБЗОРНЫЕ СТАТЬИ

Шин Ю. и Мураками К.С. (2021)Наблюдение за реакцией транскрипции бактериальной РНК-полимеразы с помощью рентгеновской кристаллографии, зависящей от времени. Ферменты . 49, 305-314. DOI: 10.1016/bs.enz.2021.06.009

Кайюм, М.З., Шин, Ю. и Мураками, К.С. (2021) РНК-полимеразная реакция в бактериях. В: Джез Джозеф (ред.) Энциклопедия биологической химии, 3-е издание . 4 , 358–364. Оксфорд: Эльзевир. DOI: 10.1016/B978-0-12-819460-7.00252-8

Сазерленд, К., и Мураками, К.С. (2018). Введение в структуру и функцию каталитического основного фермента РНК-полимеразы Escherichia coli . ЭкоСал Плюс . DOI: 10.1128/ecosalplus.ESP-0004-2018

Хаурилюк В., Аткинсон Г.К., Мураками К.С., Тенсон Т. и Гердес К. (2015). Недавнее функциональное понимание роли (p) ppGpp в физиологии бактерий. Nat Rev Microbiol 13 , 298-309. DOI: 10.1038/nrmicro3448

Мураками, К.С. (2015). Структурная биология бактериальной РНК-полимеразы. Биомолекулы 5 , 848-864. DOI: 10.3390/biom5020848

Jun, S.H., Reichlen, MJ, Tajiri, M., and Murakami, K.S. (2011). РНК-полимераза архей и регуляция транскрипции. Crit Rev Biochem Mol Biol 46 , 27-40. DOI: 10.3109/10409238.2010.538662

Хирата А. и Мураками К.С. (2009 г.). РНК-полимераза архей. Curr Opin Struct Biol 19 , 724-731. DOI: 10.1016/j.sbi.2009.10.006 DOI: 10.1016/j.sbi.2009.10.006

Мураками К.С. и Тракселис М.А. (ред.) Полимеразы нуклеиновых кислот в серии нуклеиновых кислот и молекулярной биологии. том 30, Спрингер. 2013. ISBN 978-3-642-39796-7. Ссылка

• ИНТЕРВЬЮ

25 февраля 2022 г. «Перепрофилирование одобренных FDA лекарств может помочь в борьбе с COVID-19». Penn State News

22 января 2021 г. «Регулирование линии производства рибосомной РНК». Пенн Стейт Сайенс

, 20 сентября 2018 г., «Природный антибиотик, активный против лекарственно-устойчивого туберкулеза». Penn State Science

, 20 сентября 2018 г., «Открытие помогает бороться с лекарственно-устойчивым туберкулезом». Пресс-служба Университета Ньюкасла

22 февраля 2018 г. Новые кристаллические структуры раскрывают загадочный механизм регуляции генов с помощью «магического пятна». Новости штата Пенсильвания | Penn State Science

3 января 2018 г., В окно: кристаллическая структура раскрывает детали нестандартной транскрипции РНК. Ссылка 1 | Ссылка 2

Мураками К.С. (2013). Борьба с множественной лекарственной устойчивостью при лечении туберкулеза. Международные инновации, ноябрь, 88-90. Research Media, Великобритания. Посмотреть PDF

• ТЕЗИС

Ритвика Басу (2014). МЕХАНИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ РЕАКЦИЙ ПЕРЕНОСА НУКЛЕОТИДИЛОВ И ИНИЦИАЦИИ DE NOVO В РНК-ПОЛИМЕРАЗАХ МЕТОДОМ РЕНТГЕНОВСКОЙ КРИСТАЛЛОГРАФИИ. ССЫЛКА

Бриттани Уорнер (2012).